Examinando por Autor "Clavijo Buriticá, Diana Carolina"

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    Publicación Sólo datos
    Análisis determinístico de la red de regulación génica involucrada en la expresión y función del factor de transcripción σ^32 en E. coli.
    (Fundación Universitaria Juan N. Corpas, 2018-05-10) Clavijo Buriticá, Diana Carolina; Mejía, Bárbara Valeria; Rojas, Lina María; Sáenz, Leandro; Yosa, Juvenal
    Motivación: La expresión del factor es una respuesta de E.Coli bajo condiciones de choque térmico. El mecanismo de inducción de las proteínas chaperonas y proteasas de choque térmico ha sido bastante estudiado, pero gran parte de la red de regulación del factor no se comprende completamente. Por esto, en este trabajo se plantea un modelo determinístico de la red, el cual se soluciona por medio de las herramientas presentes en Matlab® y en seguida se evalúa la influencia de la velocidad de transcripción, de traducción y de degradación sobre todas las concentraciones de las especies involucradas en la red, con el fin de determinar cuál de estos factores es el que la célula posiblemente emplea  para regular la expresión del factor .Resultados: En la resolución del sistema de ecuaciones ordinarias mediante el algoritmo ode45, se corroboró que el tiempo de vida media de sigma 32 es de 1 minuto por la concentración en estado estacionario. Además se encontró que las variaciones en  las constantes  de transcripción de rpoH y degradación de mRNA de la red (  no son significativas en la producción del factor, ni en la producción de las proteínas de choque térmico.   Por otro lado, del análisis de sensibilidad se infirió que la constante de traducción  de mRNA es la velocidad más crítica para la regulación de la expresión del factor en la red. Finalmente, con respecto a  se concluye que es un término importante en la estabilización del factor .Disponibilidad e Implementación: El análisis se llevó a cabo en MatLab_R 2011a y el código fuente se encuentra en el Material Suplementario. 
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    Publicación Sólo datos
    Análisis estocástico de un sistema génico simple para la síntesis de una proteína implementando los métodos de Gillespie
    (Fundación Universitaria Juan N. Corpas, 2018-08-22) Clavijo Buriticá, Diana Carolina; Mejía Bohórquez, Bárbara Valeria; Rojas, Lina María; Sáenz Castro, Hector Leandro
    En la mayoría de los casos en los que se requiere describir una red biológica se propone un sistema de ecuaciones diferenciales acopladas, que luego se resuelve por métodos numéricos. Sin embargo, cuando un solo valor en estado estacionario no predice el comportamiento de la población total, es indispensable que el modelo de representación describa la distribución de estados dentro un sistema. El algoritmo propuesto por Gillespie en 1998 consiste en la descripción de un fenómeno específico mediante herramientas estocásticas, en donde se predice el comportamiento de la ecuación maestra de probabilidades mediante la simulación de Montecarlo. El autor propone dos aproximaciones matemáticas para la resolución: el método de la primera reacción, y el método directo. El propósito de esta investigación fue a partir de un modelo génico simple para la síntesis de una proteína, representado en una red de Petri simple propuesta por Goss y Peccoud en 1998 (1), comparar los resultados de dichas aproximaciones centrándose en las diferencias entre los resultados al analizar la red mediante un método determinístico clásico, y los dos métodos estocásticos de Gillespie. Finalmente realizar un análisis de sensibilidad al modelo estocástico con la prueba de hipótesis nula. Los resultados obtenidos muestran que efectivamente la población no se comporta uniformemente, por lo que es pertinente y recomendable la resolución por el método de Gillespie para este sistema y para sistemas similares; adicionalmente se corrobora que el método directo es más demandante computacionalmente y con la prueba de hipótesis nula se concluye que el número de proteínas final si se ve afectado por las variaciones en los parámetros cinéticos.